书记官除此职责外，还要督护军法军纪，纠察官（原军法官）是他的副职。统属军政司。纠察官负责维持所在队的纪律。平常时有权对违纪事件行理，对违法事件行诉讼。而战时则和书记官一起，行使对违纪违法事件的暂时理权，战后再由军法行正式裁决。

枢密院下设两署五司。等同于尚书行省地。

和府兵行联合演习，考课各级主军官将领。它特殊的职权，那就是负责理北府各陆海军军官学院以及组织每年的军官毕业考试，并有优先录选优秀毕业军官的权力。而在战时，军机参谋署就自动成为作战指挥中枢。负责全局的作战指挥。发布战略命令。主官是军机都事。由谢艾兼领，并设军机主事十余人，分领各科，每科均对应不同区域，均属有参谋数十人。

军训司，负责各队的日常训练，以及各队训练成果的考课。

军机参谋署，平时负责整理军事情报，并以此为据行分析和推演，给时局报告。并定期组织各

枢密院的职权非常大。首先，它最大的权力就是只有它才有调兵权和指挥权。一旦有战事，只有枢密院能够接受大将军曾华的授权，调遣北府各陆海军，组建战时军队制度，发布作战目的，下达作战命令，通知尚书行省陆海军立即执行动员令等等。从很多功能上看，曾华把它照“异世”总参谋来设置的。

这里需要提到的一句是谢艾归附北府后，除了治军理政之外，就是非常衷学习“曾氏兵法”他原本就是一位“知兵”的大家，但是在长安却是把自己当成学生，不但去长安武备学堂旁听，还虚心向曾华和跟随他多年的将领们请教。几年下来，谢艾居然将“曾氏兵法”非常系统地写成好几书，还以此为基础，充分发挥、完善和补充，居然写了《军略》三百篇，成为长安武备学堂的经典教材之一。原本谢艾卸任凉州刺史之后倒是很属意去长安陆军军官学院地教正，但是曾华怎么能放过他呢，直接任命他为枢密院同知军事。

军法署是北府军队内的理法裁判机构，负责北府军队内违法违纪事件的裁定，并量刑判定惩戒。军法署在军队各中以营设为基础设军法。派驻军法官。设大军法官十名合议总领该署事务。

军情司，负责有关军事情报的收集，接了以前的探司职权，而侦骑却被划归陆军理。军情司

北府军人荣誉准则就是以“勇气、责任和荣誉”三大法则为基础，完善细分制定来地北府军人职业德守则，并在日常工作生活中严格执行，培养北府军人特有的气质。而书记官则是负责向北府军将士输这思想。正是执行这荣誉准则、书记官制度加上北府在军功上的极度重视，才会让北府军将士们充满了荣誉。成为被桓温叹为“仅论士气。已是天下翘首”的雄师。

军令司负责枢密院所有命令文书地下派传达，而它派的驻队的军令官则负责保障军令正确顺利地执行。也就是他负责为所在队的军事主官向上向下传达命令，并监督该命令的正确。据曾华改正的北府军制，军令官有权驳回他认为不正确的命令，但是后果极为严重，一旦事后被军法或者上一级认定是错误的，则要承担军法责任。而军事主官持认为自己命令正确地话，可以与书记官、掌旗官等军官合议，暂停军令官地职务，由掌旗官暂领。

三品上“同知军事”由谢艾任。

军政司，这是一个“老机构”负责任命和理北府陆海军的书记官。而书记官主要负责军队将士们地“思想工作”照行北府军中特有地“军人荣誉准则”

军务司，负责各队、各兵装备的采购和品质检查和监督。北府陆、海军所有军械武的生产都掌握在陆军和海军手里，但是各分驻队和兵用什么兵，如何置都是由军务司编制和决定。它会同各分驻队地军事主官和军务官，一起在两军下属的兵工军械厂中行装备的招标采购，以后后续列装、维护等“质量监督”

同知军事地副职是同知枢密院事，设两名，分别是甘和刘顾。跟尚书行省一样，同知军事的命令没有一名同知院事的副签是无效地。